### R code from vignette source 'cohort-measures-sol.rnw' ################################################### ### code chunk number 1: cohort-measures-sol.rnw:2-3 ################################################### options( width=110 ) ################################################### ### code chunk number 2: cohort-measures-sol.rnw:11-14 ################################################### Y <- 2.5 + 3.5 + 1.5 + 3.0 + 4.5 + 0.5 + 1.0 + 2.5 + 2.5 + 2.5 + 1.5 + 1.5 Y ################################################### ### code chunk number 3: cohort-measures-sol.rnw:18-19 ################################################### 5/Y * 100 ################################################### ### code chunk number 4: cohort-measures-sol.rnw:25-27 ################################################### Q <- 1 - exp( -5/Y * 3 ) Q ################################################### ### code chunk number 5: cohort-measures-sol.rnw:30-31 ################################################### round( Q*100, 1 ) ################################################### ### code chunk number 6: cohort-measures-sol.rnw:37-38 ################################################### YY <- Y + 2 + 1.5 + 1 + 0.5 + 0.5 ################################################### ### code chunk number 7: cohort-measures-sol.rnw:42-43 ################################################### 1/YY ################################################### ### code chunk number 8: cohort-measures-sol.rnw:46-49 ################################################### Q <- 1 - exp( -1/YY * 3 ) Q round( Q*100, 1 ) ################################################### ### code chunk number 9: cohort-measures-sol.rnw:58-60 ################################################### 4/YY round( 4/YY * 100, 1 ) ################################################### ### code chunk number 10: cohort-measures-sol.rnw:65-67 ################################################### Yc <- 2 + 1.5 + 1 + 0.5 + 0.5 Yc ################################################### ### code chunk number 11: cohort-measures-sol.rnw:70-72 ################################################### 2 / Yc round( 2/Yc*100, 1 ) ################################################### ### code chunk number 12: cohort-measures-sol.rnw:76-79 ################################################### Q <- 1 - exp( -2/Yc * 3 ) Q round( Q*100, 1 ) ################################################### ### code chunk number 13: cohort-measures-sol.rnw:83-85 ################################################### 1/7 3/5 ################################################### ### code chunk number 14: cohort-measures-sol.rnw:88-91 ################################################### prv <- c(1,3)/c(7,5) names(prv) <- c("30sep1996","31dec1998") round( prv*100, 1 ) ################################################### ### code chunk number 15: cohort-measures-sol.rnw:113-114 ################################################### library( Epi ) ################################################### ### code chunk number 16: cohort-measures-sol.rnw:121-154 ################################################### coh <- data.frame( doe=c("1994-01-01", "1994-01-01", "1994-01-01", "1994-07-01", "1994-07-01", "1995-01-01", "1995-07-01", "1996-01-01", "1996-01-01", "1996-07-01", "1997-01-01", "1997-01-01" ), dox=c("1998-07-01", "1999-07-01", "1995-07-01", "1997-07-01", "1999-07-01", "1996-07-01", "1996-07-01", "1998-07-01", "1999-07-01", "1999-07-01", "1999-07-01", "1998-07-01" ), ddx=c("1996-07-01", "1997-07-01",rep(NA,3), "1995-07-01",rep(NA,2), "1998-07-01",NA, "1998-07-01",NA), xst=factor(c(2,1,3,3,1,3,1,1,2,1,1,1), labels= c("Well","Dead-Ca","Dead-Oth")), id=1:12 ) coh ################################################### ### code chunk number 17: cohort-measures-sol.rnw:162-167 ################################################### cL <- Lexis( entry = list(per=cal.yr(doe)), exit = list(per=cal.yr(dox)), exit.status = xst, id = id, data = coh ) ################################################### ### code chunk number 18: cohort-measures-sol.rnw:171-172 ################################################### summary( cL ) ################################################### ### code chunk number 19: cohort-measures-sol.rnw:176-181 ################################################### cL <- cutLexis( cL, cut = cal.yr(cL$ddx), new.state = "Cancer", precursor.states = "Well" ) summary( cL ) ################################################### ### code chunk number 20: cohort-measures-sol.rnw:191-192 ################################################### cL[order(cL$lex.id,cL$per),] ################################################### ### code chunk number 21: times ################################################### par( mar=c(3,3,1,1), mgp=c(3,1,0)/1.6 ) plot( cL, ylim=c(12.5,0.5), ylab="", xlab="Date of follow-up", bty="n", las=1, yaxt="n", xlim=c(1994,1999.5), lty=1, col=c("transparent","black")[as.integer(cL$lex.Cst)], lwd=4 ) abline( v=1993+seq(0,7,0.5), col="gray" ) lines( cL, lty="11", col=c("black","transparent")[as.integer(cL$lex.Cst)], lwd=4 ) axis( side=2, labels=1:12, at=1:12, las=1, lty=0 ) # This is just to get the points of death to look nice points( cL, col="white", pch=c(NA,NA,16,16)[as.integer(cL$lex.Xst)], cex=1.6 ) points( cL, col="black", pch=c(NA,NA,16,1 )[as.integer(cL$lex.Xst)], cex=1.6, lwd=3 ) points( cL, col="black", pch=c(NA,NA,1 ,1 )[as.integer(cL$lex.Xst)], cex=1.6, lwd=3 ) ################################################### ### code chunk number 22: boxes ################################################### boxes( cL, boxpos=T ) ################################################### ### code chunk number 23: cohort-measures-sol.rnw:230-231 ################################################### cS <- splitLexis( cL, breaks=1999 ) ################################################### ### code chunk number 24: cohort-measures-sol.rnw:243-244 ################################################### cS[order(cS$lex.id),1:8] ################################################### ### code chunk number 25: boxes-r ################################################### boxes( subset(cS,per<1999), boxpos=TRUE )